连云港市属暖温带湿润性季风海洋性气候，兼有暖温带和北亚热带气候特征，四季分明，冬无严寒，夏无酷暑。常年平均气温14.1℃,历年平均降水量883.6毫米，常年无霜期220天。日照和风能资源为江苏省最多，也是最佳地区之一。2006年连云港市年平均气温15.6℃，较常年显著偏高，比常年值高1.5℃，为1951年以来最高值，从1994年到2006年连续13年平均气温高于常年平均值；2006年全年降水量909.9毫米，比常年略多26.3毫米，但降水时空分布不均，变化起伏大，有干旱过程后出现较大强度降水缓解旱情的特点，年日照总时数2115.6小时，较常年偏少0.9%。2006年冬季（12～2月）平均气温2.2℃，比常年高0.5℃，春季（3～5月）平均气温14.7℃，较常年高1.1℃，夏季（6～8月）平均气温26.7℃，较常年高1.1℃，秋季（9～11月）平均气温18.1℃，较常年高2.4℃，其中10月平均气温20.1℃，较常年高4.0℃，为历史同期最高值。2006年极端最低气温-8.4℃，出现在2月9日，年极端最高气温37.6℃，出现在6月20日，终霜出现在3月23日，比常年早7天，初霜出现在11月7日，比常年推迟6天，其间无霜期228天。全年降水分布情况为1～5月正常偏旱，6月下旬降水增多旱情缓解，7月16日到29日出现连续14天阴雨，市区累计降水量138.5毫米，为1951年以来同期最长连阴雨纪录，8月降水量正常，9月16日到11月17日两个月全市降水量只有10毫米，旱情严重，该段时间降水量为1951年以来同期最小值，11月下旬降水44.9毫米，旱情缓解，12月降水量正常。全年日照总时数虽比常年偏少，但在农作物关键生长季节的3～5月和8～10月，日照充足，比常年略多。

2006年连云港市出现2次寒潮天气，分别在3月11～13日和11月5～7日；暴雪1次，为2月5～6日，最大积雪深度23厘米；大雾12次、强雷暴4次；4月28日雷雨大风出现瞬时38.5米/秒极大风速，造成直接经济损失12333.65万元，因灾伤病9人，死亡1人；暴雨5次、大于35℃高温6天、冰雹1次，最大直径8毫米。2006年农业气象条件总体为利大于弊，其中小麦全生育期气象条件与2005年相当，属于丰产气候年型，对于水稻棉花生育期总的气象条件优于2005年，属于增产气候型。全年市区空气质量二级以上天数达324天，优良率88.8%。